Медаль была учреждена Указом Президиума Верховного Совета СССР 9 июня 1945 года в честь взятия столицы нацистской Германии, произошедшего на заключительном этапе Великой Отечественной войны, и стала одной из семи советских наград, учрежденных за овладение городами, находящимися за пределами довоенной территории Советского Союза.

Награды удостаивались советские военнослужащие, принимавшие непосредственное участие в штурме Берлина, а также организаторы и руководители боевых операций при взятии города. Большую часть медалей «За взятие Берлина» вручили в первые три года после окончания войны. Некоторые вручались непосредственно в воинской части, другие – после демобилизации военнослужащего в военных комиссариатах по месту его жительства. Всего же, по разным оценкам, более миллиона советских освободителей были награждены этой почетной медалью.